Zu Domino R5 gibt es dieses Dokument.
Die Einstellungen, die dort genannt sind

• httdp.cnf um debugthreadlogging on ergänzen.
• Logging im Serverdocument aktivieren.
• notes.ini um DEBUG_THREADID=1 und DEBUG_OUTFILE=path\Output.txt ergänzen (Konsolenoutput).
• Mindestens HTTP neu starten, besser Server.
• Auf der Konsole tell http debug thread on eingeben.

stimmen soweit auch für Domino 6.x.

Jetzt liegen die im Serverdokument aktivierten Logs und das Output File da, wo sie sein sollen.
Anders als bei IBM bisher beschrieben, heißt der Output des Thread Debugging aber (bei mir; Domino 6.0.3 auf AIX) htthr_krytisch_Datum@140502.log und liegt im Verzeichnis IBM_TECHNICAL_SUPPORT.